460 papers
Dit onderzoek toont aan dat bij de levermos *Marchantia polymorpha* alternatieve splicing van een enkel exon in het enige CLU-gecodeerde eiwit de mitochondriale versus plastidale functie bepaalt door de configuratie van C-terminale TPR-domeinen te wijzigen, waarmee het organisme compensatie biedt voor het ontbreken van gespecialiseerde genen.
Onderzoek toont aan dat een horizontaal overgedragen bacteriële gen, anmK, zich heeft geïntegreerd in het Ixodes-tikgenoom, is geëvolueerd tot een functioneel eukaryotisch enzym en essentieel is voor de bloedvoeding en voortplanting van tikken.
Dit onderzoek toont met genoomsequencing aan dat seksuele selectie in de roodmeelworm (Tribolium castaneum) schadelijke mutaties effectief verwijdert en het uitstervingsrisico verlaagt, zonder de algehele genetische diversiteit of het aanpassingsvermogen van de populatie te verminderen.
Deze studie introduceert een efficiënt Empirical Bayes-benadering in het R-pakket mvMORPH die het mogelijk maakt om de evolutie van extreem hoog-dimensionale fenotypische data, zoals 3D-vormen, snel en accuraat te modelleren en zo adaptatie en convergentie in grote datasets te analyseren.
Dit paper introduceert de Probabilistic Phenotype Genetics (ProP Gen) theorie, een wiskundig raamwerk dat aantoont hoe fenotypische onzekerheid fundamentele principes van de klassieke populatiegenetica doorbreekt en nieuwe mechanismen zoals 'fenotypisch drijven' en versnelde oversteek van fitness-dalen verklaart, met toepassingen voor de evolutie van bacteriële persisters en kanker.
Dit onderzoek toont aan dat cis-regulatorische evolutie, met name in de arachidonzuur- en lipidenmetabolisme-paden, een sleutelrol speelt bij de snelle aanpassing van woestijnmuizen aan extreme droogte door weefsel-specifieke veranderingen in de genexpressie tijdens watergebrek.
Deze studie presenteert de meest uitgebreide evolutionaire kaart van het werveldier-selenoproteoom tot nu toe, waarbij wordt aangetoond dat straalvinnige vissen door genverdubbelingen een groter en dynamischer selenoproteoom bezitten dan tetrapoden, die juist convergente verlies- en vervangingsgebeurtenissen ondergaan.
Dit onderzoek analyseert 47.000 *Klebsiella pneumoniae*-genomen uit 102 landen om zowel universele als landenspecifieke evolutionaire paden van antimicrobiële resistentie te identificeren en te voorspellen, waarbij deze dynamiek wordt gekoppeld aan gezondheidsbeleid en druggebruik.
Deze studie toont aan dat bij phrynosomatide hagedissen een wijdverbreide onbalans in genexpressie tussen mannetjes en vrouwtjes op het X-chromosoom bestaat, waarbij vrouwtjes de oude X-gebieden overexpresseren en mannetjes nieuwe X-gebieden onderexpresseren.
Dit artikel introduceert en valideert neurale posterieure schatting (NPE) als een efficiënt en nauwkeurig alternatief voor bestaande methoden zoals ABC en toezichtloos leren, waarmee Bayesiaanse onzekerheidsschattingen mogelijk worden gemaakt voor complexe populatiegenetische modellen op basis van ruwe genotypen of samenvattende statistieken.
Dit artikel toont aan dat de evolutionaire boom des levens, gedreven door de spanning tussen exponentiële informatietoename en polynoom ruimtelijke groei, noodzakelijkerwijs een hyperbolische meetkundige structuur met een universele kromming en een invariante inbeddingsdimensie van twee aanneemt, wat wordt bevestigd door theoretische afleidingen en empirische validatie op basis van genoom- en eiwitdata.
Deze studie toont aan dat de parasitaire mijt Varroa destructor in varroa-resistente honingbijvolken over heel Europa consequent een kleiner lichaam heeft dan in niet-resistente volken, wat suggereert dat de gastheer de fenotypische ontwikkeling van de parasiet beïnvloedt.
Dit artikel stelt dat Neanderthalers ontstonden door een range-expansie van moderne mensen met Levallois-technologie tussen 400.000 en 250.000 jaar geleden, waarbij intensieve kruising met lokale archaïsche populaties in Europa leidde tot een bevolking met circa 95% archaïsche afkomst, terwijl dit proces in Afrika resulteerde in een meer bescheiden vermenging en de diepe substructuur die we vandaag in moderne mensen zien.
Deze studie toont aan dat bij primaten de tandontwikkeling, en met name de doorbraak van de onderkaakcanine, een sterkere fylogenetische signatuur vertoont dan andere levensgeschiedenis- of motorische eigenschappen, waarbij verrassend de later ontwikkelende permanente tanden meer evolutionair behouden zijn dan de vroegere melktanden.
Hoewel zangverschillen tussen de twee populaties van de Canarische vink op La Palma leiden tot een iets zwakkere reactie op zang uit het andere habitat, blijken deze verschillen onvoldoende sterk om als een effectieve pre-koppelpaaringsbarrière te fungeren, wat suggereert dat andere factoren zoals morfologische en ecologische aanpassing een grotere rol spelen bij de populatiedifferentiatie.
Deze studie analyseert de veranderende fitnesslandschappen van SARS-CoV-2 en toont aan dat epistatische interacties tussen mutaties en genetische verschillen tussen varianten verantwoordelijk zijn voor ongeveer de helft van de verschuivingen in de fitnesskosten van mutaties.
Deze studie toont aan dat asymmetrische reproductieve karakterverdringing en hybridevorming bij de libellensoorten *Ischnura elegans* en *Ischnura graellsii* leiden tot morf-specifieke divergentie in de vorm en grootte van de prothorax, met name bij gynochrome vrouwtjes.
Deze studie onthult hoe antilichamen complexe biophysieke trade-offs overwinnen door middel van conformatie-gemedieerde epistase, waarbij een specifieke mutatievolgorde en structurele herschikkingen de evolutie naar hoge affiniteit zonder schadelijke bijwerkingen mogelijk maken.
Dit paper introduceert SHEPHERD, een methode die Wright-Fisher-populatiegenetica en Markov-besluitprocessen combineert om optimale, adaptieve medicijnstrategieën te ontwerpen die resistentie in heterogene populaties effectief onderdrukken, zelfs buiten de beperkingen van het sterke-selectie-zwak-mutatie-regime.
Dit onderzoek combineert ABC-inferentie en X-chromosoomdiversiteit om aan te tonen dat de grijs rifhaai bestaat uit twee oude, diep gescheiden metapopulaties met extreme geslachtsgebonden dispersie, wat leidt tot een sterk verminderde X-chromosoomdiversiteit en de noodzaak om de West- en Centraal-Indische Oceaanpopulaties als evolutionair significante eenheden te beschouwen.